El máximo órgano de decisión de Greenpeace España es el Consejo, que está constituido por 75 representantes de los socios y socias.

60 miembros, elegidos directamente por los socios/as en circunscripciones correspondientes a las Comunidades Autónomas, y 15 miembros más, elegidos por el Consejo saliente de entre los socios/as de Greenpeace España y que hayan sido propuestos por los propios consejeros/as.

Entre las funciones del Consejo, que se detallan en los Estatutos, destacamos la aprobación de los presupuestos y del balance de actividades, que se debaten en la Asamblea Ordinaria que se celebra cada año en el mes de marzo. También elige entre sus miembros a las personas que integran la Junta Directiva, ejerciendo la supervisión y control de su trabajo. Es igualmente el órgano responsable de aprobar —y modificar cuando sea necesario— los Estatutos y el Reglamento de Funcionamiento Interno. Además de la Asamblea Ordinaria, el Consejo mantiene todos los años un encuentro en el mes de octubre.

Para facilitar el funcionamiento del Consejo, existen tres comisiones de carácter permanente (Comisión de Arbitraje, Comisión Electoral y Comisión de Funcionamiento Interno), así como grupos de trabajo de carácter temporal que se constituyen para abordar cuestiones concretas.

La permanencia en el Consejo es de periodos de tres años, repetibles de forma indefinida.