El máximo órgano de decisión de Greenpeace España es el Consejo, que está constituido por 75 representantes de los socios y socias.

60 miembros, elegidos directamente por los socios/as en circunscripciones correspondientes a las Comunidades Autónomas, y 15 miembros más, elegidos por el Consejo saliente de entre los socios/as de Greenpeace España y que hayan sido propuestos por los propios consejeros/as.

Entre las funciones del Consejo, que se detallan en los Estatutos, destacamos la aprobación de los presupuestos y del balance de actividades, que se debaten en la Asamblea Ordinaria que se celebra cada año en el mes de marzo. También elige entre sus miembros a las personas que integran la Junta Directiva, ejerciendo la supervisión y control de su trabajo. Es igualmente el órgano responsable de aprobar —y modificar cuando sea necesario— los Estatutos y el Reglamento de Funcionamiento Interno. Además de la Asamblea Ordinaria, el Consejo mantiene todos los años un encuentro en el mes de octubre.

Para facilitar el funcionamiento del Consejo, existen tres comisiones de carácter permanente (Comisión de Arbitraje, Comisión Electoral y Comisión de Funcionamiento Interno), así como grupos de trabajo de carácter temporal que se constituyen para abordar cuestiones concretas.

La permanencia en el Consejo es de periodos de tres años, repetibles de forma indefinida.

Finalizadas las elecciones que llevamos a cabo en 2019, el nuevo mandato comenzó el 28 de enero de 2020. Por primera vez, la presencia de mujeres ha dejado de ser minoritaria, y el nuevo Consejo está constituido ahora por 38 socias y 34 socios: